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摘要

The article details Dr. Mushtaq Bilal's guide on using Claude Code as a workflow engine for long-term academic research, outlining five key modules including file organization, subagents, and automation hooks.

Claude Code 102 针对学术研究者 Mushtaq Bilal 博士的 Claude Code 102 出来了 第一篇 4M+ 阅读 / 这一篇接得很硬 他的核心论点:Claude Code 完全可以当成「长期研究项目」的工作流引擎来用 博士论文 / 长期写作 / 多年研究项目 / 都适用 5 个核心模块 / 我按重要度排序 · 第一 用「文件夹 + CLAUDE.md」组织一切 主文件夹是「我的论文」 子文件夹 Literature(PDF + 阅读笔记) Chapters(章节草稿) Data(数据集) Notes(会议记录 / 灵感) Correspondence(导师邮件 / 合作者交流 / 审稿意见) 每个子文件夹放一个本地 CLAUDE.md 主文件夹放一个全局 CLAUDE.md(项目宪法) 例子 Chapters/CLAUDE.md:「评草稿时按 论点 / 证据 / 文献 / 反驳 结构来 / 引用全部 MLA 9」 Data/CLAUDE.md:「所有 CSV 视为原始数据 / 永远别覆盖 / 清洗后另存为 _clean 后缀」 Correspondence/CLAUDE.md:「优先看 reviewer 意见和 co-author 意见的重叠点」 Claude Code 在某子文件夹工作时 / 会同时读全局 + 该子文件夹的两份 CLAUDE.md 效果 你在做章节时 / 它知道 MLA 引用 你在处理数据时 / 它不会覆盖原文件 你处理审稿信时 / 它先找交叉意见 这套设计的精髓 / 让通用模型变成你这个项目的「专属助理」 · 第二 Plan Mode + Custom Slash Commands Plan Mode(Ctrl + Shift + M) 让 Claude 先把要做的步骤写出来 / 你看完同意了再开干 适用:3 步以上 / 跨文件夹 / 长输出 的任务 例如「综合 35 篇论文笔记」「筛选系统综述」「清洗数据集 + 生成 codebook」 Custom Slash Commands 重复性任务的快捷方式 让 Claude 自己创建 / 一句话搞定 「创建一个叫 /firstdraft 的 slash command / 把我 Notes 文件夹里的笔记变成通顺段落」 Claude 自动写一个 .md 进 .claude/commands Mushtaq 的两条铁律 六个月才用一次的任务 / 别做 slash command 超过 15 行指令 / 拆成两个 slash command · 第三 Subagents 解决「context clutter」 长项目的最大问题 你让 Claude 读 20 篇 PDF 后再问它写大纲 它的回应会变慢 / 变模糊 因为前面所有内容都还在它的工作记忆里 Subagent = 自带独立 context window 的小 Claude 它读自己的 PDF / 自己的资料 / 不污染你的主对话 Mushtaq 给研究者的 4 个 subagent 模板 Literature Reviewer:每加一篇 PDF / 自动按你的论点出结构化总结 Citation Checker:核对每个引用是否对得上文献库 Methodology Auditor:检查方法部分跟数据是否一致 Reviewer 2:扮演敌意审稿人 / 撕你的草稿 最强的用法 :并行批评 一句话「让 Methodology Auditor 和 Reviewer 2 并行评 chapter_4 / 各自出报告」 两个 subagent 各开各的 context / 各出各的报告 主会话一点没被污染 · 第四 Connectors / 把研究工具串起来 Claude Code 顶部「Customize → Connect your apps」 列出官方支持的 MCP 连接器 Zoom / Google Drive / Zotero / PubMed / arXiv 等等 实用 prompt 例子 「拉我最近三次跟合作者的 Zoom 通话纪要 / 抽出所有跟 Chapter 4 相关的评论 / 存到 Correspondence 文件夹今天日期的新文件」 Mushtaq 的一条警告 有保密数据的 app 别接(比如 Slack 里有未发表数据 / 别连) · 第五 Hooks 和 Scheduled Tasks 让一切自动化 Hook :某个事件触发时自动跑的脚本 最实用的一个 :编辑前自动备份 「创建一个 pre-edit safety hook / 编辑任何 chapter 前先备份当前版本」 之后你让它改 chapter_4 / 它自动备份再改 Scheduled Task :定时跑 最实用 :每周一早 9 点用 PubMed MCP 拉这周新论文 / 交给 Literature Reviewer subagent 筛 / 把表存到 Weekly Scans 文件夹 Mushtaq 一条铁律 任何涉及「删除文件」的 hook / scheduled task / 别做 · 这五个模块拼起来 / 本质是把博士论文当成一个软件工程项目来管 Mushtaq 帮非技术研究者完成了一件难事 把「Claude Code = 编程工具」的认知 / 翻译成「Claude Code = 项目工作流引擎」 这套思路同样适用于 书的创作(每章一个子文件夹) 长期咨询项目(每个客户一个子文件夹) 家庭账本和长期规划(每个领域一个子文件夹) 只要这件事跨越数月 / 要积累上下文 / 有重复性任务 / 需要多视角评审 都能用这套模板搬过去 链接 :https://x.com/MushtaqBilalPhD/status/2053829787219595725… (101 入门篇 / 4M+ 阅读 / 同账号往前翻一篇)
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