论文页面 - TD3B：用于别构结合物生成的过渡导向离散扩散

来源：https://huggingface.co/papers/2605.09810

摘要

本文介绍了一种基于序列的生成框架 TD3B，旨在通过控制蛋白质状态的方向性转变，设计具有特定激动剂或拮抗剂行为的别构结合物。

蛋白质功能通常由配体控制，这些配体偏向状态转变的方向（如激动剂和拮抗剂），而非稳定单一构象。对于临床相关的 G 蛋白偶联受体（GPCRs）而言，这一点尤为重要，因为其疗效取决于功能性方向性。基于结构的设计方法优化的是对静态构象的结合，无法表征不可逆的方向性效应，也无法系统地区分激动剂与拮抗剂行为。为了弥补这一空白，我们引入了过渡导向离散扩散用于别构结合物设计（TD3B），这是一个基于序列的生成框架，通过方向性转变控制目标设计具有指定激动剂或拮抗剂行为的结合物。TD3B 结合了目标感知方向预言机、软结合亲和力门控以及对预训练离散扩散模型的摊销微调，使得目标激动剂和拮抗剂的生成与结合亲和力解耦，这是基于平衡或仅推理引导的基线方法无法实现的。代码和检查点可访问 https://huggingface.co/ChatterjeeLab/TD3B。

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