为什么蛋白质结构预测的置信度分数无法替代生物测定

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摘要

文章认为，由于预测输入的复杂性以及功能验证的必要性，蛋白质结构预测中的置信度分数无法替代生物测定。

声明：我运营 rewire.it，在那里我发布了下面链接的文章。FASTA 序列并不能完全确定一个蛋白质结构预测任务。单个链、蛋白质复合物和蛋白质-配体复合物需要不同的输入和验证。数据库版本、比对、模板和采样协议也会改变实际测试的内容。置信度分数也需要同样的区分。局部置信度、相对结构域定位和界面置信度涉及预测几何结构的不同方面。它们都不是对特定测定中催化活性或结合的测量。抽取更多的扩散样本可以探索候选结构，但这些样本并不自动构成热力学集合。我写了一份关于这些选择的指南，包括在比较模型或解释其分数之前需要记录的内容：https://rewire.it/blog/a-fasta-file-is-not-a-specification/ 有用的评估问题是输出支持哪个生物学主张。在将模型选择的结构用于下游功能主张之前，您需要什么证据？
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