📄学术论文本质上就是一种引用的“对话”。

我开发了一个工具，可以从你的 Zotero 资料库中提取文件夹，并绘制你已保存论文之间的引用关系图。

只需要你的 Zotero ID 和 API 密钥。 无需大语言模型令牌，完全免费。

https://t.co/2KIzN4P38a https://t.co/Vn88EelUHz

idlhy0218/Citation-Network

来源：https://github.com/idlhy0218/Citation-Network

引用网络构建器

Python Stars（https://github.com/idlhy0218/Citation-Network/stargazers）版本

该工具利用免费的 OpenAlex 学术数据库 API，分析存储在 Zotero 中的论文之间的引用关系，并自动将其转换为相互链接的 Obsidian 笔记。

工作流程

1. Zotero：从你的 Zotero 资料库中获取论文元数据和分类（文件夹）结构。
2. OpenAlex：使用论文的 DOI 查询 OpenAlex 数据库，以确定所选分类内的引用关系。
3. Obsidian：在你的笔记库中生成或更新单篇论文的笔记，并包含维基链接。你可以通过 Obsidian 内置的图谱视图来可视化引用网络。

前提条件

• Python 3.9 或更高版本（https://python.org）

  安装 Python 时，请务必勾选底部的 “Add python.exe to PATH” 复选框。如果跳过这一步，你的终端将无法识别 python 命令。

• Zotero 账户和 API 密钥
• Obsidian（https://obsidian.md）

安装

第 0 步 - 复刻并克隆仓库

1. 点击此 GitHub 仓库页面右上角的 Fork 按钮，将其复制到你自己的 GitHub 账户中。
2. 将仓库克隆到本地计算机：
   • 使用 Git 命令： bash git clone https://github.com/idlhy0218/Citation-Network.git
   • 或者使用 GitHub Desktop 打开。

第 1 步 - 打开终端并安装依赖

打开命令提示符或 PowerShell，导航到本项目文件夹，然后安装依赖。

在 Windows 中快速打开当前文件夹终端的方法：

1. 打开文件资源管理器，导航到本项目文件夹（Citation Network）。
2. 点击顶部的地址栏，清除文本，输入 cmd，然后按 Enter。
3. 命令提示符窗口将直接在此目录下打开。

终端打开后，运行：

bash python -m pip install -r requirements.txt

第 2 步 - 创建配置文件并设置 API 密钥

当你首次克隆此仓库时，只有模板配置文件。你需要创建一个 .env 文件并填入你的凭证。

1. 在终端中运行以下命令，将 .env.example 复制为新的 .env 文件：

   • 命令提示符（cmd）： cmd copy .env.example .env
   • PowerShell： powershell cp .env.example .env （或者在文件资源管理器中复制 .env.example 并重命名为 .env。确保文件名不是 .env.txt）

2. 使用文本编辑器（如记事本）打开新创建的 .env 文件，并填写你的详细信息：

   • ZOTERO_USER_ID：前往 Zotero API 设置页面（https://www.zotero.org/settings/keys）。在顶部，复制 “Your userID for API calls is XXXXXX” 旁边的数字。
   • ZOTERO_API_KEY：在同一页面，点击 “Create new private key” 生成一个 API 密钥。
   • OBSIDIAN_VAULT_PATH：你的 Obsidian 笔记库文件夹的绝对路径（例如 C:\Users\YourName\Documents\MyVault）。

``ini

[必需] Zotero API 凭证和 Obsidian 路径

ZOTERO_USER_ID=你的 Zotero 用户 ID（数字） ZOTERO_API_KEY=你的 Zotero API 密钥 OBSIDIAN_VAULT_PATH=C:\Users\YourUsername\Path\To\Obsidian\Vault

[可选] 自定义文件夹名称并提高请求速度

CITATION_NETWORK_FOLDER=Citation Network [email protected] ``

3. 自定义配置（可选）：
   • 更改输出文件夹名称：如果你希望笔记保存在默认的 Citation Network 以外的文件夹中，请将 CITATION_NETWORK_FOLDER 修改为你喜欢的文件夹名称（例如 My Citations）。
   • 提高 OpenAlex API 速度：如果你的资料库较大（数十篇或更多论文），请在 OPENALEX_EMAIL 中添加你的电子邮件地址。OpenAlex 为通过电子邮件标识身份的用户提供更快的速率限制（“礼貌池”）。

第 3 步 - 测试连接

要验证一切设置是否正确，请运行：

bash python main.py --test

如果你看到 "Zotero connection successful" 和 "OpenAlex connection successful"，说明已准备就绪。

如何使用

交互式运行（推荐）

双击 run.bat 或在终端中运行以下命令：

python main.py

程序将以树形结构显示你的 Zotero 文件夹：

============================================================
  Select a Zotero folder
  (Tree) = Has subfolders / (Single) = No subfolders
============================================================
  1.  (Single) Introduction
  2.  (Tree)   Machine Learning
      3.  (Single) Supervised Learning
      4.  (Single) Unsupervised Learning
  ...

输入你想处理的文件夹编号。选择父文件夹将自动处理其所有子文件夹。

使用特定文件夹名称运行

python main.py --collection "Machine Learning"

将分类名称用引号括起来。子文件夹将自动包含。

测试连接

python main.py --test

文件结构与作用

Citation Network/
│
├── run.bat                   执行文件。双击可快速启动。
│
├── main.py                   程序入口点。处理文件夹选择。
│
├── .env                      配置文件，用于 API 密钥和路径。
│                             切勿共享此文件或将其上传到 GitHub。
│
├── requirements.txt          所需的 Python 库列表。
│                             仅在安装期间运行一次。
│
├── cache/
│   └── openalex_cache.json   OpenAlex 查询结果的缓存文件。
│                             使后续运行显著加快。
│
└── src/
    ├── zotero_client.py      从 Zotero 获取论文列表和元数据。
    ├── openalex_client.py    使用 OpenAlex 获取引用连接。
    └── obsidian_writer.py    将论文数据作为 Markdown 文件写入 Obsidian。

查看输出结果

笔记将生成在 .env 文件中 CITATION_NETWORK_FOLDER 指定的文件夹（默认为 Citation Network）下，位于你的 Obsidian 笔记库内。

在每个分类文件夹中，你将找到：

• citekey.md：包含对其他论文引用的单篇论文笔记。
• _Index.md：该文件夹中所有论文的摘要表格。

在 Obsidian 中打开图谱视图即可查看网络。你可以在图谱过滤栏中输入 path:"Your Folder Name"（例如 path:"Citation Network"）来仅显示这些引用笔记。

值得了解

• 论文必须具有 DOI 才能获取引用数据。在 Zotero 中添加 DOI 可产生更多连接。
• OpenAlex 是一个免费的学术数据库，无需注册或 API 密钥。
• 对同一文件夹重新运行脚本将更新笔记。只要你将自定义评论或注释写在自动生成部分的下方，它们将被保留。
• .env 文件包含你的私有 API 密钥。它已被添加到 .gitignore 中，因此不会上传到 GitHub。