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本文提出了首个用于通路引导的治疗反应建模的统一基准，评估了三种生物学信息驱动的架构（BINN、GraphPath、PATH），在来自癌症基因组图谱的五个癌症队列上，对靶向治疗、放射治疗和生存结局进行多标签预测。
本文介绍了VCR-Agent，一个多智能体框架，通过结构化形式化和VC-TRACES数据集生成并验证机制性解释，从而增强大型语言模型在生物学研究中的应用。该方法通过虚拟细胞中的验证性机制推理，提高了基因表达预测的事实准确性。