protein-language-models

ProtoCol将后期交互检索应用于蛋白质同源搜索，将蛋白质表示为残基嵌入集，并使用MaxSim进行评分，在远程同源基准上优于池化方法和基于比对的方法。

本文提出了 SoftBlobGIN 框架，通过将蛋白质语言模型的表示投影到接触图上进行结构感知的消息传递，增强了其可解释性。该框架在酶分类和结合位点检测任务上展现出性能提升，同时提供了可审计的结构化解释。

本文介绍了一种具有新颖“胚系吸收”特性的离散扩散模型，以改善抗体序列的条件生成。该模型解决了蛋白质语言模型中的胚系偏差问题，并在优化抗体结合亲和力和可开发性方面表现出优于现有方法（如 EvoProtGrad）的性能。