研究完成后，你可以将会话整体打包为 .science 文件。该文件包含对话、代码、输入和证据。以下链接分别介绍 Open-Science：https://aipoch.com/blog/aipoch-open-science-research-packages 及蛋白质测量案例：https://aipoch.com/open-science/use-cases/protein-measurements-do-the-ratios-add-up

AIPOCH Open-Science .science：研究交接指南

来源：https://aipoch.com/blog/aipoch-open-science-research-packages 封面图：AIPOCH Open-Science .science 研究包

同事打开你最终生成的图表，第一个问题很简单：**“你是怎么得出这个结果的？”**回答这个问题可能需要输入数据集、运行过的代码、你修改某个假设时的对话，以及你实际查看过的输出版本。

**AIPOCH Open-Science 将这些上下文整合进一个可携带的 .science 研究包中。**导出会话时会保留对话分支、选定文件和已记录的证据，然后你可以将其导入到另一个项目或另一台电脑中进行查看。

导入后的记录保持只读状态。在 v0.32.0 中，你可以将其分叉为一个可写入的延续会话，或启动一个独立的普通会话来引用已导入的历史。无论哪种方式，都需要检查后续工作所需的文件、依赖、服务和权限。详见 v0.32.0 已知限制。

本指南适用于需要将分析交接给协作者、保留审阅检查点，或在不同项目和电脑之间迁移会话的研究者。

AIPOCH Open-Science 中的 .science 文件是什么？

.science 文件是 Open-Science 的可携带研究会话格式。它打包了已保存的对话上下文、可用的支持记录以及选定的文件内容，使其他研究者能够查看工作是如何展开的。

传输单元是一个研究会话。其内容有助于将一个问题与其对应的输入、执行记录和结果关联起来，同时保留研究推进过程中经过的各个分支。

该功能首次发布于 v0.29.0。v0.30.1 随后新增了将选定文献 PDF 包含到会话包中的功能。

本指南于 2026 年 9 月 23 日依据 v0.32.0 和公开文档核对。截图来自早期的演示会话，其中的文件名、大小和相关对话仅为示例。

为什么研究交接需要上下文

最终报告传达的是结论。一个有价值的交接还要帮助下一位研究者找到结论背后的工作过程。

设想一张为实验室会议准备的图表。你的协作者可能想知道：你使用的是哪个输入版本、代码是否完成运行、为什么放弃某条分析分支，以及哪些检查适用于当前展示的结果。仅发送图表会让这些问题悬而未决。

.science 包为接收方提供了出发点：对话解释了决策过程，包含的文件提供了可查看的材料，捕获的证据则将输出与已记录的工作关联起来。

这支持三种实用的工作流程：

• 协作者审阅： 将分析分享给他人，附带一个关于其假设、方法或结果的具体问题。
• 研究检查点： 在开启下一阶段之前，保留与某张图表、报告或中间决策相关的记录。
• 工作区迁移： 将会话的已保存历史带入另一个项目或电脑，并在那里准备下一阶段的工作。

发送方最有价值的贡献是一个清晰的审阅问题。“请检查图 3 背后的预处理过程“比“这是我的项目“更能给接收方一个可操作的起点。

.science 研究包可以包含什么？

包的内容取决于会话记录了什么、哪些内容仍然可用，以及你的导出选择。

可选的文件内容与必需的证据是分开处理的。选择较少的文件不会从已保存的对话中删除对它们的提及，而且证据依赖关系可能使某个文件成为必选项。已发布的内容选择实现强制执行了这些规则。

使用预览功能来回答一个实际问题：接收方是否拥有完成本次特定审阅所需的材料？

选择正确的导出方式：.science、PDF、Markdown 还是 ZIP

根据协作者的需求选择格式。

正在准备演示文稿的协作者可能只需要最终图表。而调查分析过程的人则需要会话包。在会话包旁边附一份简短报告，可以提供概览并指出从何处开始。

Open-Science 还提供一个独立的工件级选项：v0.32.0 的完整 RO-Crate 导出使用 RO-Crate 1.1 打包一个已验证的工件版本及其精确输入。其范围与 .science 会话包不同，不构成完整的会话回放。

如何导出 .science 包

1. 完成你要交接的工作

等待会话进入空闲状态。完成或停止其正在进行的工作，包括相关的 Task 或 Compute 活动。已发布的导出检查会在关联的 Task 或 Compute 工作仍处于活动状态时阻止导出。

在对话或报告中保存一份简短的交接说明。注明结果、相关分支或版本以及下一个问题。Side Chat 对话以及私密阅读书签及其笔记不会包含在包导出中，因此请将关键上下文放在会随包传输的位置。

打开 Session 菜单，选择 Export → Export Session package。

图 1：AIPOCH Open-Science 中一个已完成的单细胞分析会话。打开 Session 菜单并选择 Export → Export Session package 来准备 .science 交接包。可见的文件、注释和 UMAP 输出展示了在选择包内容之前应予审阅的研究上下文。

3. 比较 Essential 导出与 Full 导出

Essential 导出保留研究历史和必需证据，省略可选内容。Full 导出在支持的包范围内选择可用的文件内容。Customize contents 允许你逐个检查文件和版本，并调整可选项。

图 2：导出对话框显示预设选项、内容控制项和预估大小。显示的 5.9 MiB 属于该演示示例。

关于文献的选择规则如下：

• 文献元数据始终包含。
• Essential 导出省略可选的文献 PDF。
• Full 导出包含可用的文献 PDF；Customize contents 允许逐个选择。
• 如果某个文献 PDF 是必需的证据，则无法使用 Essential 导出。请使用 Full 导出或保留该 PDF 的自定义选择。

这些规则记录在官方包指南中，并反映在 v0.32.0 导出界面实现中。Full 导出不会获取缺失的全文，也不会解除大小限制。

对于聚焦型审阅，选择保留必要材料的最小选择集。对于更广泛的交接，在主要结果旁边包含相关的输入和输出版本。请审阅实际内容，而不仅仅依赖预设名称。

4. 保存包并等待完成

确认你的选择，选择目标位置，并以可识别的名称保存文件，例如 figure-review-2026-09-23.science。

图 3：显示“Copying files“达到 100%，表示的是当前阶段，不一定代表整个导出已完成。

在传输过程中请保持应用处于打开状态。Run in background 会在后台继续工作同时隐藏进度窗口；Cancel 则停止操作。完成后，使用 Show in folder 定位该包。

如何将 .science 文件导入另一个项目

打开目标项目的 Project 菜单，选择 Import Session package…。或者，将 .science 文件拖放到项目中。在文件关联已注册的情况下，直接打开文件即可启动导入流程并要求指定目标位置。

图 4：目标项目菜单中提供 Import Session package 入口。

确认之前，请检查包标题、目标项目以及包含或省略的内容。导入完成后，选择 Open imported Session。

然后执行验收检查：定位相关分支，打开主要结果，并找到你所需任务需要的输入。这一步决定了交接内容是否包含足够材料来支持预期的审阅。

图 5：导入历史的通知标识了来源，并在“未包含在此包中“下列出了 raw-results.csv。历史附件引用可以在没有文件内容的情况下仍然可见。

如果缺少必需文件，请向发送方请求该版本或获取修订后的包。保持其标识和版本与导入记录相关联。

导入包之后如何继续研究

导入的记录本身保持只读，执行和原地延续被禁用。在 v0.32.0 中，你有两条后续工作的路径：将其分叉为可写入的延续，或创建一个引用导入历史的独立普通会话。版本发布限制明确保留了分叉选项。

分叉会创建一个可写入的延续；它不会将导入的原始记录变为可执行会话。已发布的分叉实现还会重置执行状态，并将导入的配置视为属于另一个安装。

无论你选择哪条路径：

1. 明确你要回顾的结果和决策。
2. 确认所需的文件、依赖、服务和权限是否可用。
3. 说明预期的更改，并将新输出单独保存。

一个示例性的后续请求如下：

检查输入表格和所选图表背后的代码。在提出新的运行方案之前，列出缺失的依赖或输入。将所有新输出单独保存，并说明发生了哪些变化。

对于独立会话路径，请先使用会话引用选择器选择导入的历史。有关上下文访问的工作流程，请参阅会话引用的工作原理。

一个包能告诉你关于可复现性的哪些信息？

包提供了可供检视的已记录证据。判断一个结果是否可复现，需要审阅这些检查，并在必要时执行新的运行和比较。

收到的验证记录描述的是源安装所提供的检查。**导入并不意味着在接收电脑上进行了新的验证。**校验和可以确认字节级别的完整性；但它不能验证科学主张的真实性，也不能对发送方进行身份认证。这些区别已在包实现中说明。

如果需要另一项检查，请遵循可复现性工作流程。它要求有已支持的捕获证据、相关输入以及可用的环境。请同时阅读输出比较和执行状态。研究者仍需对方法评估和结果解读负责。

实用交接清单

使用此清单，让未参与原始工作的人也能理解这个包。

简短的说明可以这样写：“请对照附带的输入表格审阅图 3。所选分支解释了预处理的变更。在决定是否需要再次运行之前，请先检查方法。”

根据导出实现的记录，包导出不包含账户凭证、权限授权和提供商续写身份。但在共享之前仍需审阅实际研究内容：文本和文件中可能含有应保持私密的信息。

已发送的包是独立副本。删除本地会话并不会移除已经分发出去的副本。

关于 .science 包的常见问题

哪个应用可以打开 .science 研究包？

请使用 AIPOCH Open-Science 的包导入流程。打开目标项目的 Project 菜单，选择 Import Session package…。