@SylvainGariel: 我花了一段时间才弄清楚大家对ESMFold2的热议是怎么回事。起初,基准测试数据看起来并不特别突…
摘要
ESMFold2是一个用于蛋白质结构预测的开源AI模型,在蛋白质相互作用和抗体方面达到了最先进的性能,并拥有庞大的结构数据库(ESM Atlas)。
我花了一段时间才弄清楚ESMFold2为何引起热议。起初,基准测试数据在我看来并不特别突出,但结果发现有很多令人印象深刻的地方:
- 完全开源,开放权重 + 庞大的ESM Atlas(11亿个结构,而AF3只有2亿个)。
- SOTA
查看缓存全文
缓存时间: 2026/05/30 08:10
我花了好一会儿才搞清楚大家对ESMFold2的热议是怎么回事。起初,我觉得基准测试数据并不特别引人注目,但结果发现它有许多令人印象深刻的方面:
- 完全开源、开放权重,外加庞大的ESM Atlas(11亿个结构,而AF3只有2亿个)。
- SOTA
Alex Rives (@alexrives): 今天,我们宣布推出ESMFold2,一个开源的科学引擎,用于推动蛋白质生物学领域的预测、设计和发现。
新模型在蛋白质相互作用方面达到了最先进性能,尤其是在抗体方面——抗体是治疗药物的关键模式。
我们已
相似文章
Biohub/esm
Biohub 发布了 ESMC、ESMFold2 和 ESM Atlas——一个用于蛋白质生物学的世界模型,能够实现跨尺度的最先进预测、设计和发现,包括一个包含十亿结构的图谱。
@nkwang24:1/ 好奇像@biohub的ESM-C这样的蛋白质语言模型如何仅从序列中表示结构信息?来…
Goodfire的Silico研究平台现已公开可用,其演示展示了蛋白质语言模型(如ESM-C)如何仅从序列表示结构信息,从而支持前沿规模模型的解释与训练。
结构蛋白质组学引导的共折叠模型
介绍了AIMS-Fold,一种推理时引导扩散框架,整合了交联质谱(XL-MS)和氢-氘交换(HDX-MS)数据,以改善针对诱导接近药物靶点的蛋白质共折叠预测。
@THayes427: 另外请查看这个@modal教程,它详细讲解了上面笔记本中的底层代码,并提供了更多详细解释…
一个Modal教程,展示如何使用ESMFold2和ESMC模型扩展蛋白质绑定剂设计,包含用于迭代优化和自动伸缩基础设施的代码。
折叠、推理与扩展:开源药物发现引擎
介绍OpenDDE,一个开源的全原子生物分子基础模型,该模型利用共折叠作为药物发现的共享结构推理层,实现了高精度,并识别出用于进一步改进的缩放定律。