protein-structure-prediction

提出一种两遍式动态 k-NN 图调度方法，通过阻尼不动点迭代与信任域补偿，在 SE(3) 等变结构预测中以 1.5×/1.76× 加速而不损失精度，并给出非翻转证书与近间距解析定律。

该论文提出两种闭式投影算子，可在推理时直接修正 AlphaFold3 风格扩散模型输出中的物理无效结构（链间碰撞、键长畸变、非平面环、手性翻转），无需重训练或额外网络评估，在 Boltz-2 与 OpenFold-3 上实现完美的物理有效性同时保持结构精度。

QFoldAgent是一个闭环多智能体框架，用于量子经典蛋白质结构预测，通过VQE和反馈迭代优化哈密顿量惩罚项，在5残基片段上实现了改进的RMSD和结构有效性。