针对干细胞显微镜的Cellpose-SAM保留约束训练后量化

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摘要

本文评估了Cellpose-SAM在干细胞显微镜中的压缩方案,表明混合精度量化在保持分割精度的同时实现了6.76倍的压缩且无灾难性失败。

诱导多能干细胞(iPSC)培养日益依赖分割基础模型,但在实验室CPU和边缘硬件上的部署需要既高效又可审计的压缩方案。我们使用预设保留标准对压缩的Cellpose-SAM进行面向部署的评估:对于每种成像模态,与FP32的平均变化的95%聚类自举区间必须保持在固定-0.02的裕度之上。在一个分层的176视野面板上,涵盖BBBC038细胞核、BBBC039 U2OS荧光和不同密度下的NIST iPSC图像,仅权重W8A16在所有模态中保持实例F1分数。一种灵敏度引导的混合W4/W8方案,使用四个INT8例外,实现了6.76倍的权重存储减少,且未观察到灾难性失败(0/176视野),在此样本量下与W8A16相匹配。相比之下,三值仅权重量化实现了12.08倍压缩,但在169/176视野上灾难性失败。这些结果表明,压缩应通过模态分层下游保留度而非单一数值精度来评估,并建立了用于审计受监管干细胞成像中压缩基础模型的可复现协议。
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摘要

诱导多能干细胞培养日益依赖分割基础模型,但要在实验室CPU和边缘硬件上部署,则需要既高效又可审计的压缩方案。本文提出了一种面向部署的压缩Cellpose-SAM模型评估方法,采用预先指定的保留标准:在每个成像模态下,与FP32相比,平均变化的95%聚类自举置信区间必须保持在-0.02的固定边际之上。在涵盖BBBC038细胞核、BBBC039 U2OS荧光及NIST iPSC图像的176个分层场数据面板上,仅权重量化W8A16在所有模态下均保留了实例F1分数。一种基于敏感度的混合W4/W8方案(使用四个INT8例外)实现了6.76倍的权重存储缩减,且未观察到灾难性失败(0/176个场),在此样本量下性能匹配W8A16。相比之下,仅三值权重量化实现了12.08倍压缩,但在169/176个场上出现灾难性失败。这些结果表明,压缩效果应通过模态分层的下游保留来评估,而非单一的准确性指标,并为受监管干细胞成像中压缩基础模型的审计建立了一个可复现的协议。

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Cellpose-SAM用于分割显微图像中的细胞和细胞核。将其直接部署在实验室仪器上将能够在采集点进行分析,但这些设备的计算和内存资源相较于专用工作站较为有限。

因此我们探究了Cellpose-SAM能否在不损害分割精度的情况下被压缩以进行本地部署,以及压缩对不同成像条件的影响。压缩12倍的Cellpose-SAM在176个图像场中的169个上性能下降,而一个保守的混合精度方案实现了6.76倍的缩减且未观察到失败。这些结果表明,必须跨成像条件来评估压缩效果,而不能仅依据模型大小或平均精度。

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