论文页面 - Chamaileon：基于情境化建模与混合采样的跨情境结合子设计

来源：https://huggingface.co/papers/2607.23518

摘要

生成模型的快速发展为蛋白质结合子设计（结构生物学中的关键任务）带来了新潜力，通过联合序列-结构建模或幻觉生成实现了端到端生成。然而，现有方法主要基于单靶标、单状态的假设实施，限制了其对高级功能导向蛋白质设计所需的多靶标或多状态交互的建模能力。本文提出 Chamaileon，将问题形式化为跨情境结合景观建模，从而统一了多靶标与多状态结合子设计。该框架的核心是一种名为情境内复杂协同设计（I3CD）的训练范式，用于情境感知的序列-结构协同建模。在推理阶段，我们采用路径混合采样（MoPS）这一可扩展策略，在跨情境优化单一序列的同时，缓解高质量多构象配对数据的稀缺性。在我们新构建的基准测试 CROSS 上的广泛评估表明，Chamaileon 能够有效生成适应多样化构象景观和多靶标需求的序列。代码已开源：https://github.com/caohengyuan/Chamaileon。

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