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Arc Institute宣布在Nature上发表论文，解决了桥RNA引导的DNA重排中桥切除的结构机制，为可编程生物学提供了新的工程操作手段。
研究人员使用qFit重新处理了约80,000个高分辨率PDB结构，以恢复隐藏的构象异质性，生成了超过60,000个多构象模型——迄今为止最大的实验衍生系综数据集，在约90%的情况下拟合效果有所改善。
Chamaileon 提出了一个用于多靶点和多状态蛋白质结合子设计的框架，采用语境化的序列-结构联合建模和混合采样，实现了对不同构象景观和多靶点需求的适应性。
本文研究了蛋白质接触图上的离散里奇曲率作为轻量级结构描述符用于折叠分类，结果表明一个22维的曲率特征在CATH和SCOPe基准测试上优于平均池化的ESM-2嵌入。
两篇来自 Baker 和 Veesler 实验室的《自然》论文描述了AI设计的衣壳实现了准对称性，从而能够构建比以往更大的蛋白质外壳，并澄清他们设计的是架构，而非真正的病毒。
介绍了一种名为PairSAE的方法，该方法将稀疏自编码器适配用于解释蛋白质共折叠模型中的配对表示，从而能够发现与生物学注释一致并可预测结合亲和力的可解释特征。
来自Ligo的一篇博客文章，讨论了天然蛋白质折叠的冗余性，以及为生成式生物分子模型扩展结构数据所面临的挑战，文中提及了AlphaFold3和其他最新模型。
用户报告称GPT 5.5在结构生物学领域成功进行自主研究，经过150小时以上的目标模式运行，提升了AlphaFold2的性能。
本文提出了 SoftBlobGIN 框架，通过将蛋白质语言模型的表示投影到接触图上进行结构感知的消息传递，增强了其可解释性。该框架在酶分类和结合位点检测任务上展现出性能提升，同时提供了可审计的结构化解释。
研究人员利用AlphaFold和冷冻电镜技术绘制了形成坏胆固醇的apoB100蛋白质结构图谱，标志着心脏病认知领域的重大突破。