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CellBRIDGE是一种新方法，通过引入配体-受体相互作用成本来模拟细胞间通讯，增强了对scRNA-seq轨迹推断的最优传输，改进了对齐并实现了可解释的计算机模拟扰动。
PerturbSpace 是一种空间转录组学方法，通过将组织切片压到带有条形码微孔的芯片上，利用抗体为细胞标记位置编码，再进行单细胞测序，实现超过90%的可靠空间定位。
来自Arc Institute的一篇新预印本介绍了PerturbSpace，这是一种空间分辨、多模态全转录组CRISPR筛选方法，与标准单细胞工作流程兼容。
介绍scShapeBench，一个用于高维单细胞数据形状检测的基准数据集，以及scReebTower，一种使用扩散几何和Reeb图将数据形状分类为聚类、轨迹、多分支和原型的基线方法。
本文介绍了 GATHER，这是一种基于知识图谱的以汇聚为中心的检索方法，用于零样本细胞类型注释。与现有的 KG-RAG 基线方法相比，该方法提高了准确性并降低了大语言模型（LLM）的成本。
# 论文页面 - 单细胞CRISPR扰动的几何一致性揭示调控架构并预测细胞应激 来源：[https://huggingface.co/papers/2604.16642](https://huggingface.co/papers/2604.16642) ## 摘要 尽管基因组工程在序列层面已达成卓越精度，预测扰动后细胞将占据的转录组状态仍是未解难题。单细胞CRISPR筛选可测量细胞偏离未扰动状态的程度，但这一效应幅度忽略了一个根本问题：细胞是否协同移动？若一个扰动将细胞沿共同轨迹一致推进，而另一个将其分散到表达空间各处，即使幅度相同，结果也可能截然不同。